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绪论 |
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癌症的遗传途径 |
Vogelstein, B., E. R. Fearon, S. R. Hamilton, S. E. Kern, A. C. Preisinger, M. Leppert, Y. Nakamura, R. White, A. M. Smits and J. L. Bos. "Genetic alterations during colorectal-tumor development." N Engl J Med. 319 (1988): 525-532.
The New England Journal of Medicine
Chin, L., J. Pomerantz, D. Polsky, M. Jacobson, C. Cohen, C. Cordon-Cardo, J. W. Horner 2nd, and R. A. DePinho. "Cooperative effects of INK4a and ras in melanoma susceptibility in vivo." Genes Dev. 11 (1997): 2822-2834.
Genes and Developement |
Vogelstein等
（1）这些研究人员已经研究了很多肿瘤，但是作者仍然说：“仍然需要研究更多数量的肿瘤……等等等等”以获得更加确切的结果。那么，我们如何决定研究样本的数量是多少才合适呢？我从遗传学课上了解了卡方检验（或其他类似的统计方法），但了解的并不是太多。
（2）我有一个关于等位基因缺失研究方法部分的问题，这个问题是如果已经知道特定染色体的图谱，就能够知道采用哪种限制性内切酶吗？如果不行，这一过程是如何进行的呢？并且，我想知道从肿瘤/结肠粘膜提取DNA到放射自显影照片分析这一完整过程的详细解释。荧光原位杂交（FISH）能够用来检测提取DNA的等位基因缺失和非中期扩散吗？
（3）单等位基因缺失与“双等位基因”的等位基因缺失相比较，在结果上有什么不同吗？
Chin等
（1）我有点不太明白杂合子丢失（LOH）。我不理解一个等位基因是如何缺失的。并且如果等位基因可以丢失，两个或所有等位基因都具有丢失的特性吗？丢失的基因能够再次表达吗？
（2）我想知道ras突变到底是什么，并且我希望我们可以在课堂上对此进行讨论。
（3）这些研究人员好像说小鼠是人类理想的动物模型，因为两者p53和INK4a基因的作用相同。这足以判断小鼠模型的准确性吗？这在生物学上是一个标准吗？我漏掉了这篇论文中的任何其他问题了吗？
（4）这篇论文叙述道：p53缺陷细胞中有高水平的p19ARF，并且可能有一个调节反馈回路。我们可以对此进行讨论吗？这具体又指什么呢？这又如何导致了进一步的研究呢？
（5）研究人员说“尽管小鼠没有ink4a同源序列导致了趋癌状态，等”这句话的意思是什么呢？似乎这一观点与假设和他们证明的与ink4黑色素瘤关系的结果背道而驰。
（6）关于“Cooperative Effects. . .”这一论文，他们提到染色体的几个潜在热点已经被发现，这支持了黑色素瘤的诱因似乎具有强烈基因成分这一观点。我想知道这些热点是如何确定的。 |
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细胞周期调控 |
Hartwell, L. H., J. Culotti, and B. Reid. "Genetic control of the cell-division cycle in yeast. I. Detection of mutants." Proc. Natl Acad. Sci USA 66 (1970): 352-359.
Proceedings of National Academy of Sciences
Goodrich, D. W., N. P. Wang, Y. W. Qian, E. Lee, and W. H. Lee. "The retinoblastoma gene product regulates progression through the G1 phase of the cell cycle." Cell 67 (1991): 293-302.
CellPress |
Hartwell等
（1）我想知道这一研究过去的进展情况以及如何拓展到与癌症生物学相关了呢？
（2）是否所有器官的细胞循环周期都是一样的呢？或者人类和酵母的细胞循环周期是否存在实质上的差别呢？我对这些都很好奇。
Goodrich等
（1）关于结果部分的一些观点，作者陈述说T抗原或者T抗原肽中和了RB活性。这是否意味着身体的免疫系统将会抑制RB活性？如果是这样，这会导致肿瘤或者增加患肿瘤的危险吗？ |
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凋亡 |
Hengartner, M. O., and H. R. Horvitz. "C. elegans cell survival gene ced-9 encodes a functional homolog of the mammalian proto-oncogene bcl-2." Cell 76 (1994): 665-676.
Lowe, S. W., E. M. Schmitt, S. W. Smith, B. A. Osborne, and T. Jacks. "p53 is required for radiation-induced apoptosis in mouse thymocytes." Nature 362 (1993): 847-849.
Nature Publishing Group |
（1）我的第一个问题是：凋亡如何成为癌症生物学的一部分了呢？ 我知道答案是显而易见的，但我对二者之间的联系不是很清楚。
Hengartner等
（1）在论文ced-9的结果部分，作者提到他们“测定了前咽部的存活细胞数量”，然后就开始讨论他们所用到的热休克方法。我们可以在课堂上复习一下这些方法吗（例如，如何测定细胞数量以及如何应用热休克）？
（2）移码突变如何帮助确定两个已知开放阅读框（ORF）的哪一个符合ced-9基因？
（3）开放阅读框如何以有效的方式阅读那么多DNA序列表的？
Lowe等
（1）就Lowe的论文来说，我不理解能从图3c中推测到什么。这是总胸腺DNA的琼脂糖凝胶，但是图片并不清晰。
（2）关与p53基因功能有更进一步的研究吗？
（3）细胞死亡途径还有更多的类型吗？ |
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基因组稳定性 |
Strand, M., T. A. Prolla, R. M. Liskay, and T. D. Petes. "Destabilization of tracts of simple repetitive DNA in yeast by mutations affecting DNA mismatch repair." Nature 365 (1993): 274-276.
"Erratum." Nature 368 (1994): 569.
Artandi, S. E., S. Chang, S. L. Lee, S. Alson, G. J. Gottlieb, L. Chin, and R. A. DePinho. "Telomere dysfunction promotes non-reciprocal translocations and epithelial cancer in mice." Nature 406 (2000): 641-645. |
Strand等
（1）框外插入和框内插入的区别是什么？
（2）哪种类型的试验可以用来测定重复序列的不稳定性是由于DNA聚合酶滑移增加还是由于错配修复的效率降低所致？
（3）什么是Fisher确切概率法?
（4）我不明白DNA错配修复和DNA聚合酶校对之间的区别是什么？如果DNA错配不能通过聚合酶校对进行修复，又能通过什么进行修复呢？
（5）什么是脆性X染色体综合征？
（6）为什么他们同时采用多鸟苷酸-胸苷酸(GT)的框外（29bp）和框内（33bp）插入？
Artandi等
（1）克隆非相互易位（NRT）和非克隆NRT的区别是什么？差别显著吗？ 克隆NRT在所有中期扩散中都出现吗？
（2）什么是Kaplan-Meier分析？
（3）端粒PNA代表什么？
（4）光谱核型分析的原理是什么？
（5）我不理解为什么癌细胞为什么使端粒再次活化，但是作者后来写道这可能是肿瘤演进所需要的。如果端粒功能障碍导致癌症，癌细胞是如何获得肿瘤演进所需的端粒功能的？
（6）正常情况下，端粒完全消失（人类……以及小鼠）需要多少个细胞周期（DNA复制）？
（7）为什么p53杂合子的G1-G2期会同时出现mTERC野生型和杂合型（图1b）？ |
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无论文阅读 |
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组织特异性与起源的细胞类型 |
Meuwissen, R., S. C. Linn, R. I. Linnoila, J. Zevenhoven, W. J. Mooi, and A. Berns. "Induction of small cell lung cancer by somatic inactivation of both Trp53 and Rb1 in a conditional mouse model." Cancer Cell 4 (2003): 181-189.
CellPress
Brown, K., D. Strathdee, S. Bryson, W. Lambie, and A. Balmain. "The malignant capacity of skin tumours induced by expression of a mutant H-ras transgene depends on the cell type targeted." Current Biol. 8 (1998): 516-524. |
Meuwissen等
（1）p53和Trp52的区别在哪里（如果有的话）？
（2）什么是Kaplan-Meier曲线？
（3）Clara细胞是什么细胞？
Brown等
（1）我们可以简单讨论一下两种不同类型肿瘤（如乳头状瘤、角化棘皮瘤、梭形细胞癌等 ）之间的区别吗？
（2）到底他们是如何知道/确定K5启动子能够定位转基因表达到毛囊的？
（3）什么是pan-Ras抗体？如何把它与抗H-Ras抗体区别开？ |
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干细胞与癌症 |
Cozzio, A., E. Passegue, P. M. Ayton, H. Karsunky, M. L. Cleary, and I. L. Weissman. "Similar MLL-associated leukemias arising from self-renewing stem cells and short-lived myeloid progenitors." Genes Dev. 17 (2003): 3029-3035.
Al-Hajj, M., M. S. Wicha, A. Benito-Hernandez, S. J. Morrison, and M. F Clarke. "Prospective identification of tumorigenic breast cancer cells." Proc. Natl Acad. Sci. USA 100 (2003): 3983-3988. |
Cozzio等
（1）第3033页中，作者提到“癌症干细胞不必与肿瘤起源组织的多能干细胞具有重叠序列。”他们这样说的意思是什么？是否他们是说两种不同类型的干细胞（组织和肿瘤）？
（2）图4中，他们提出了一个MLL-ENL促使白血病生成的模型。这一模型发表之后，是否做了进一步的工作对其进行改进（找到那些悬疑问题的答案了吗，等等）？
（3）如何进行滴定研究以测定转化率？
Al-Hajj等
（1）他们在方法部分提到他们把人肿瘤移植到了小鼠体内。这是诱导肿瘤生成的常用方法吗？为什么其他论文不采用这种方法产生人肿瘤模型？
（2）我不知道如何去看图4，他们是否说图形形状相似，因此这两种形态提示细胞多样性是相似的？
（3）什么是异种移植模型？
（4）NOD/SCID裸鼠免疫功能低下吗？
（5）微转移肿瘤和转移肿瘤的区别是什么？
（6）ESA染色具有什么特异性？ |
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分化与癌症 |
Kleinsmith, L. J., and G. B. Pierce. "Multipotentiality of single embryonal carcinoma cells." Cancer Res. 24 (1964): 1544-1551.
Cancer Research
Rego, E. M., L. Z. He, R. P. Warrell Jr, Z. G. Wang, and P. P. Pandolfi. "Retinoic acid (RA) and As2O3 treatment in transgenic models of acute promyelocytic leukemia (APL) unravel the distinct nature of the leukemogenic process induced by the PML-RARalpha and PLZF-RARalpha oncoproteins." Proc. Natl Acad. Sci. USA 97 (2000): 10173-10178. |
Kleinsmith和Pierce
（1）培养基中加入马、小牛、人和小鼠血清的目的是什么？
Rego等
（1）有没有较好的方法预测治疗相互作用（哪些治疗联合的作用可能较好，那些不好）？
（2）还有其他更加需要个体化治疗的疾病例子吗？
（3）前面的讨论中提到过裸小鼠，但是它们到底是什么呢？采用不同品系裸小鼠又有什么优点呢？ |
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肿瘤转移与细胞—细胞相互作用 |
Clark, E. A., T. R. Golub, E. S. Lander, and R. O. Hynes. "Genomic analysis of metastasis reveals an essential role for RhoC." Nature 406 (2000): 532-535.
Erratum in: Nature 411: 974 (2000).
Yang, J., S. A. Mani, J. L. Donaher, S. Ramaswamy, R. A. Itzykson, C. Come, P. Savagner, I. Gitelman, A. Richardson, and R. A. Weinberg. "Twist, a master regulator of morphogenesis, plays an essential role in tumor metastasis." Cell 117 (2004): 927-939. |
Clark等
（1）表1中，SM、F1、F2和F3分别代表什么？
（2）为什么这篇论文主要讨论RhoC基因，而不是表1中列出的其他基因？
（3）我们可以复习一下表1并讲解如何理解微阵列吗？
（4）肺转移中通过RNA酶保护分析确认了三个基因的表达增加，这样说的意思是什么？
（5）确切的说，从RNA到cDNA，再到cRNA的目的是什么？为什么原始RNA不能用于微阵列杂交？
Yang等
（1）为什么他们先讨论内渗阶段然后讨论外渗阶段？
（2）你知道“Twist”的命名出自哪里吗？
（3）让我们讨论一下siRNA和不完全抑制吧。
（4）GAPDH是什么？RT-PCR中为什么把它用作内参照？ |
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肿瘤血管生成 |
Folkman, J., E. Merler, C. Abernathy, and G. Williams. "Isolation of a tumor factor responsible or angiogenesis." J Exp Med. 133 (1971): 275-288.
Journal of Experimental Medicine
O'Reilly, M. S., T. Boehm, Y. Shing, N. Fukai, G. Vasios, W. S. Lane, E. Flynn, J. R. Birkhead, B. R. Olsen, and J. Folkman. "Endostatin: an endogenous inhibitor of angiogenesis and tumor growth." Cell 88 (1997): 277-285. |
Folkman等.
（1）为什么胸腺能促使肿瘤血管生成？
（2）他们说“吸入乙醚造成毛细血管充血变白”的意思是什么？
（3）什么是微孔管？如何用它来注入TAF？
O'Reilly等
（1）图1中垂直轴的单位正确吗？ 每孔一个细胞碎片？
（2）作者提到他们在体内采用非复性蛋白产品是因为折叠蛋白在体积上显著减小。解折叠蛋白和变性蛋白相同吗？为什么它仍然具有相同的功能？
（3）他们提到给药小鼠没有出现明显的抗药性，也没有出现毒性。 当他们加入抑制剂时，为什么抗药性是根本的问题？ |
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癌症治疗方案的合理设计 |
Druker, B. J., S. Tamura, E. Buchdunger, S. Ohno, G. M. Segal, S. Fanning, J. Zimmerman, and N. B. Lydon. "Effects of a selective inhibitor of the Abl tyrosine kinase on the growth of Bcr-Abl positive cells." Nature Med. 2 (1996): 561-566.
Paez, J. G., P. A. Janne, J. C. Lee, S. Tracy, H. Greulich, S. Gabriel, P. Herman, F. J. Kaye, N. Lindeman, T. J. Boggon, K. Naoki, H. Sasaki, Y. Fujii, M. J. Eck, W. R. Sellers, B. E. Johnson, and M. Meyerson. "EGFR mutations in lung cancer: correlation with clinical response to gefitinib therapy." Science 304 (2004): 1497-1500.
Science Magazine
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Druker等
（1）图3中，细胞联苯胺阳性意味着什么？
（2）集落形成分析的目的是什么？
（3）如果只有95%的CML患者具有bcr-abl癌基因，我们如何确定是这种基因引起了CML？其他5%的患者又怎么解释呢？
Paez等
（1）在摘要中说他们采用“非选择性肿瘤”。这样说的意思是什么？
（2）图3a中，为什么他们用野生型EGFR检验了三个细胞系？它们有何不同？而且，一种野生型细胞系（H1666）似乎也对吉非替尼敏感。
（3）在第二页，第三栏，作者提到了B-Raf蛋白。这种蛋白与Ras突变有联系吗？ |
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癌症研究的未来 |
Koutsky, L. A., K. A. Ault, C. M. Wheeler, D. R. Brown, E. Barr, F. B. Alvarez, L. M. Chiacchierini, and K. U. Jansen. "A Controlled Trial of a Human Papillomavirus Type 16 Vaccine." N Engl J Med 347 (2002): 1645-1651. |
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