RasMol software 是用来运行本课程中将出现的扩展名为 .spt 的文件的一个软件。 RasMol 原文件指令从一个扩展名为 .spt 的文本文档阅读一系列的 RasMol 指令并运行它们。这就需要保存一系列通常使用的 RasMol 指令，执行时使用单一指令。
1-3 单元的分子图像观察练习.
第 1单元:
细胞的大小，组成以及细胞的内在调节机制
请从以下的PDB网址观察如下的分子结构:
M. Tuberculosis Enoyl-Acp Reductase (Inha) In Complex With Nad+ and C16-Fatty-Acyl-Substrate (1bvr)
第 2单元: 脂肪酸合成酶 (FAS), 聚酮合成酶 (PKS), 和 非核糖体依赖的多肽合成酶
(NRPS)
请从以下的PDB网址观察如下的分子结构:
B-Ketoacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase I In Complex With Thiolactomycin (1FJ4)
B-Ketoacyl-[Acyl Carrier Protein] Synthase I In Complex With Cerulenin (1FJ8)
与浏览网页结合学习，请参阅以下文献:
Price, A. C. et al. "Inhibition of B-Ketoacyl-Acyl Carrier Protein Synthases by Thiolactomycin and Cerulenin." J. Biol. Chem. 276 (2001): 6551-9.
第 3 单元:
翻译：装配，起始，延长及终止－反应的机器； G 蛋白的介绍：开关还是马达
下载 Rasmol 的适当版本.
然后下载下表中每个原文件以及 PDB 文件，并把他们存在你存 RasMol 软件的同一文件夹中，在 Rasmol 命令行中输入:
script <spt file name>
文件应该打开，指令窗会显示以下表格给出的同样的结构与颜色的信息。
| EF-Tu + GDPNP + tRNA |
1ttt (SPT) |
1ttt (PDB) |
| EF-Tu and GDP (P 环是紫红色, 开关 1 是绿色, 开关 2 是蓝色, 结构域 2 是红色，结构域 3 是紫红色) |
1tui (SPT) |
1tui (PDB) |
| 编译结构域是红色, 活性区为绿色, 保守残基HIGH 64-47 为紫红色, KMSKS 545-548 为黄色 |
1ile (SPT) |
1ile (PDB) |
| IleRS 的 3'末端折叠进入活性部位 |
1gtr (SPT) |
1gtr (PDB) |
| 与假单苞菌酸结合的IleRS |
1qu2 (SPT) |
1qu2 (PDB) |
|
结构相关参考文献
Ban, N., P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore, and T. A. Steitz. "The Complete Atomic Structure of the Large Ribosomal Subunit at 2.4 Å Resolution." Science 289 (2000): 905-20. (H. marismortui)
Yusupov, M. M., G. Z. Yusupova, A. Baucom, K. Lieberman, T. N. Earnest, J. H. Cate, and H. F. Noller. "Crystal Structure of the Ribosome at 5.5 Å Resolution." Science 292 (2001): 883-96. (T. thermophilus)
Wimberly, B. T., D. E. Brodersen, W. M. Clemons, Jr., R. J. Morgan-Warren, A. P. Carter, C. Vonrhein, T. Hartsch, and V. Ramakrishnan. "Structure of the 30S Ribosomal Subunit." Nature 407 (2000): 327-39.
Carter, A. P., W. M. Clemons, D. E. Brodersen, R. J. Morgan-Warren, B. T. Wimberly, and V. Ramakrishnan. "Functional Insights from the Structure of the 30S Ribosomal Subunit and Its Interactions with Antibiotics." Nature 407 (2000): 340-8.
Schlunzen F., R. Zarivach, J. Harms, A. Bashan, A. Tocilj, R. Albrecht, A. Yonath, and F. Franceschi. "Structural Basis for the Interaction of Antibiotics with the Peptidyl Transferase Centre in Eubacteria." Nature 413 (2001): 814-21. (D. radiodurans)
Steitz, T. A., and P. B. Moore. "RNA, the First Macromolecular Catalyst: The Ribosome is a Ribozyme." TIBS 28, no. 8 (2003): 411-418. (50S structure)