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分子图形工具及资源
| RCSB蛋白数据库(The RCSB Protein Data Bank |
RCSB是唯一的世界范围内的三维生物大分子结构数据处理和分类的数据库。 |
PDB |
Berman, H. M., J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat, H. Weissig, I. N. Shindyalov, and P. E. Bourne. "The Protein Data Bank." Nucleic Acids Research 28 (2002): 235-242. |
| Deep View Swiss PDB 浏览器 |
The Deep View Swiss-PdbViewer 是一种蛋白分析工具,其界面友好,并可让使用者在同一时间对多个蛋白进行分析。 |
Deep Viewer |
Guex, N., and M. C. Peitsch. "SWISS-MODEL and the Swiss-Pdb Viewer: An Environment for Comparative Protein Modeling." Electrophoresis 18 (1997): 2714-2723. |
| NCBI (美国国家生物技术信息中心) |
成立于1988年，作为国家分子生物信息资源中心，NCBI 创立了公用信息数据库，进行了计算机生物学方面的研究，研制了分析基因组数据的软件工具，并发布生物医学信息，这些都是为了更深入了解影响人类健康与疾病的分子机制。
该网站提供了大量生物基因序列数据库, 结构数据库，生物信息工具，以及文献检索工具。 |
NCBI |
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| BLAST (局部同源检索工具) |
BLAST 提供了快速检索核苷酸及蛋白质的数据库。运用序列对比运算法则优化检索速度，以达到最佳序列数据库检索结果。 |
BLAST |
Altschul, S. F., W. Gish, W. Miller, E. W. Myers, and D. J. Lipman. "Basic Local Alignment Search Tool." J. Mol. Biol. 215 (1990): 403-410.
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| ClustalW Alignment |
ClustalW 是一种通用多序列检索程序, 用于检索DNA 或蛋白。它产生有生物意义的分支序列。 |
ClustalW Alignment |
Higgins, D., J. Thompson, T. Gibson, J. D. Thompson, D. G. Higgins, and T. J. Gibson. "CLUSTAL W: Improving the Sensitivity of Progressive Multiple Sequence Alignment through Sequence Weighting, Position-specific Gap Penalties and Weight Matrix Choice." Nucleic Acids Res. 22 (1994): 4673-4680.
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| RASMOL |
RasMol 是种分子图像工具，用于显示蛋白质，核酸和小分子。该程序阅读分子坐标文件，交互式的在荧光屏上显示分子的一系列图像以及色彩图。支持包括 Brookhaven 蛋白数据库(PDB), Tripos Associates 的 Alchemy and Sybyl Mol2 文件格式, Molecular Design Limited 的(MDL) Mol 文件格式, Minnesota Supercomputer Centre 的(MSC) XYZ (XMol) 文件格式 及 CHARMm 文件格式。分子的不同部分各自会呈现不同的构象和色彩，RasMol 可以阅读贮存的原文件中的一系列指令(扩展名为 .apt)，使一个给定的图像或观察点迅速重现。 |
RASMOL |
Sayle, Roger, and E. James Milner-White. "RasMol: Biomolecular Graphics for all." Trends in Biochemical Sciences (TIBS) 20, no. 9 (September 1995): 374.
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